平行志愿投檔是按照填的學校順序投檔的。平行志愿的投檔原則就是分數優先，遵循志愿。遵循志愿就是按照考生自行選擇的志愿填報順序依次檢索，前面填報的院校被投檔后，后面填報的院校就不再檢索。

平行志愿投檔順序

在某個招生批次投檔前，先將全省同類考生(文、理、體、藝)按高考成績總分由高分到低分排序。然后從第一名考生開始，依次把考生向其所填的院校志愿中投放，輪到某考生投檔時，投檔操作運行過程如下：

先檢索該生所填報的第一志愿院校計劃數是否招滿，如沒有招滿則將該考生的檔案投向第一志愿院校。若第一志愿院校已經招滿，則檢索其第二志愿院校是否已經招滿，若未招滿則將該考生的檔案投向第二志愿院校。若第二志愿院校已經招滿，則檢索其第三志愿院校是否已經招滿，按照與處理第二志愿完全相同的方式處理第三志愿……當檢索處理完該考生的所有志愿后，若該生的檔案仍未投出，該生本批次投檔結束，該生未能被本批次錄取。

由此可見，平行志愿是按考生所填的順序依次檢索考生所填的各個學校的，填在前面的學校先檢索，后面的后檢索，如果被前面某個志愿學校錄取了，那此次錄取就結束了，后面的志愿就不起作用了。

平行志愿的投檔規則

平行志愿的投檔規則與單個志愿的投檔規則不一樣，目前各省大都是按照“分數優先，遵循志愿”的原則投檔，即誰的分數高，在平行志愿投檔時就占有優勢，優先投檔。投檔時，計算機投檔系統將嚴格按照考生的特征成績分數與政策性照顧分值的總和)從高到低順序逐個檢索、投檔。

相同分數投檔：當考生總分相同時，分別比較各科分數。如山東：文史類按照語文、綜合1、數學、外語、基本能力的順序，理工類按照數學、綜合2、語文、外語、基本能力的順序，依次比對單科成績，成績高者位次在前。考生投檔分及各單科成績均相同時，比對隨機碼，隨機碼小的位次在前。隨機碼在高考前由計算機生成。