第四軍醫大學是雙一流院校。中國人民解放軍空軍軍醫大學（第四軍醫大學）是一所培養高、中層次醫學專業人才的全國重點大學。1997年成為國家首批22所“211工程”重點建設院校之一，2017年進入國家“雙一流”建設首批一流學科建設院校行列。

學校機關設一辦七處，下轄航空航天醫學系、軍事預防醫學系、軍事生物醫學工程學系、藥學系、軍事醫學心理學系、護理系、基礎醫學院、研究生院、空軍特色醫學中心（北京）、空軍衛勤訓練基地、第一附屬醫院（西京醫院）、第二附屬醫院（唐都醫院）、第三附屬醫院（口腔醫院）、空軍第九八六醫院等。

學校現有本科學歷教育、研究生教育、任職教育3個培訓層次。學校是國務院批準的首批博士、碩士學位授權單位，現有博士學位一級授權學科12個，碩士學位一級授權學科12個，并設有10個博士后流動站。目前有6個學科領域進入ESI全球前1%，25個學科排名全國前10名。現有國家重點和培育學科19個，國家重大科研基礎設施1個，國家重點實驗室2個，國家臨床醫學研究中心2個，國家臨床重點專科軍隊建設項目23個，全軍醫學專科中心35個，軍隊后勤科研實驗室19個，全軍醫學專業重點實驗室17個。